配置文件和应用程序可能有多个段，每个段前面都插有一个“程序记录”。一个“程序记录”由2个32位的数据构成，一个是32位的整数，另一个是32位的地址，分别表示程序段本身的长度和程序段的运行时地址。其存储布局如图3所示。本文引用地址：//m.amcfsurvey.com/article/190734.htm
为了在更新程序时把FPGA配置文件和Nios II应用程序一起更新，把FPGA配置文件和Nios II应用程序合并成一个文件，并且把合并后的Flash格式的文件转换成不需要地址解码就能直接执行的二进制BIN文件。具体处理流程如图4所示。
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