博客专栏

EEPW首页>博客> 马普所中国博士生首次解析出伴肌动蛋白的三维结构图,或可帮助准父母预测后代患病可能性

马普所中国博士生首次解析出伴肌动蛋白的三维结构图,或可帮助准父母预测后代患病可能性

发布人:深科技 时间:2022-03-17 来源:工程师 发布文章

“审稿人看完非常开心和激动,认为该工作解决了领域内的一个比较重要的问题,方法也非常完善,很适合在Science发表。”德国马克斯-普朗克分子生理学研究所斯特凡·劳恩瑟(Stefan Raunser)的博士生王浙鑫表示。


图片

图 | 王浙鑫()和共同作者迈克尔·格兰奇(Michael Grange)(右)(来源:王浙鑫)


2 月 18 日,他在Science发表了一篇共同一作论文,题为《完整肌原纤维中的结构揭示肌动蛋白调节细丝的机制》(Structures from intact myofibrils reveal mechanism of thin filament regulation through nebulin)[1]。


图片

图 | 相关论文(来源:Science


既突破生物难题,也突破方法难题
图片


该研究主要有两个方向的突破。其一,它解决了生物学上的基本问题肌肉研究领域的一个研究热点是伴肌动蛋白,它和肌原纤维中的细肌丝紧密相关,也是肌肉中重要的组成部分。而王浙鑫等人不仅解析了伴肌动蛋白的结构,并理解了它的功能

其二,该工作也是电子显微镜方法学上的突破。研究主要使用了两个方法:一个是冷冻断层扫描,另一个是聚焦离子束切割。此前,人们可通过断层扫描观察到原位状态下的蛋白质。但是,该方法始终对样品厚度有要求,必须是非常薄的样品才能用这种方法成像。


图片

(来源:Science


而此次运用的冷冻聚焦离子束切割方法,扩展了断层扫描方法的广泛性,即通过切割可得到任意厚度的样品,使得断层扫描基本可用于所有生物样品。但问题在于,作为一种新方法,它的效率比较低,且积累的用户比较少。


本次研究结合以上两种技术,实现了目前最高的分辨率,借此可以建立蛋白的结构模型。简而言之,这两种方法结合之后,可作为一种独立方法去研究蛋白质在原位状态下的结构。


图片

(来源:Science)


据王浙鑫介绍,该研究是 2021 年他的一篇Cell论文的延续[2]。上次工作也采用了类似方法,也就是使用冷冻断层成像和聚焦离子束,去观测骨骼肌的肌小节的三维影像。不过上次主要关注肌小节整体的图像,这次则观察了具体的蛋白


据悉,其所在的斯特凡·劳恩瑟团队之前的主要研究方向是单颗粒冷冻电镜,一般研究过程是把蛋白质纯化和分离出来,然后解结构以便达到高分辨率。但是,始终有一些问题无法得到回答,比如这些蛋白质结构是不是真实环境下所展现的状态?


图片

(来源:Science


说到这里王浙鑫说:“我们的关注重点是肌肉,但是一直都不知道蛋白质分离出来与在肌肉中的状态是否一样。其次,有一些蛋白质没有办法分离出来,或者分离出来之后,与分离前的状态完全不一样。因此要想办法弄清楚蛋白质的位置、结构和功能。”


课题一开始,王浙鑫和导师斯特凡·劳恩瑟决定要回归生物环境,即直接在肌肉中去研究想看到的蛋白质,因此他从单颗粒冷冻电镜转向冷冻断层扫描技术虽然二者都是用电子显微镜这一设备,但是冷冻断层扫描技术还需要一些其他设备和数据处理上的技术,但在起初他们都没有。


刚开始,王浙鑫的导师负责购买设备,他主要负责学习相关技术,然后和其他同事完善技术和流程,最后收集大量数据、并进行处理和分析,直至完整的论文成型。


图片

(来源:Science


王浙鑫说,一直以来他觉得科学研究要么“上书架”,要么“上货架”,此次研究便属于后者,其主要意义是加深对肌肉的理解。


可帮助准父母预测未来孩子是否存在患病可能

图片


虽然说是基础研究,但也有不错的应用前景。例如,他所研究的肌动蛋白,与状体肌病紧密相关,即肌动蛋白的基因突变会导致该疾病的发生。然而,也有很多突变不会导致该疾病。因此,如果没有相关蛋白质的结构,就无法判断某一突变究竟重不重要、或者会不会致病。


而本次成果诞生后,即可通过测序进行线状体肌病的早期诊断,以及一些变异体携带者的遗传疾病咨询。准父母们就能据此推测将来的孩子是否会患病,这也是一种直接的价值。


长远来说,此次提出的方法有助于开发肌肉疾病疗法,或者延缓肌肉的衰老。不仅如此,未来还可借此研究不同的****物对肌肉的影响,尤其是在与心脏和生命相关的疾病中。


总的来说,目前该研究只涉及到肌动蛋白,接下来王浙鑫所在团队打算将该方法拓展到其他蛋白上肌肉内有很多类似的、但却功能各异的蛋白,如果把该方法扩展到更广泛的蛋白质上,就可帮助理解更多疾病的分子机理。


同时,还可观测衰老的肌肉中不同蛋白质的状态,借此了解肌肉衰老的机制,从而帮助开发一些延缓肌肉衰老的****物。对于一些基于分子层面开发的****物,可以利用这一手段观测整个肌肉中蛋白质的结构,以判断这些****物对于整体肌肉的影响。


图片

(来源:Science


毕业后去剑桥做博后,学术伉俪即将团聚

图片


王浙鑫表示:“研究后半段基本上处于新冠期间,没想到新冠会持续这么长时间。虽然大部分时间都是分析数据和写文章,但是由于缺少交流,对生活的影响是特别大的。另外,我在这段时间也结识了我的女朋友,她陪伴着我,也给了我很多帮助。”


在科研方面,比较有意思的算是前段时间AlphaFold2的公布他表示:“目前来看,AlphaFold2 对于肌动蛋白的整体预测是不准确的。但是,AlphaFold2 在局部的预测可以给我们很多灵感。比较遗憾的是,AlphaFold2 发布的时候,我已经完成了结构模型,否则这个人工智能程序其实可以减少我的一部分精力。


图片

(来源:Science


至于后续计划,如前所述肌肉中还有很多蛋白,它们的结构都是未知的。此次方法也将逐步应用在各种蛋白上。


“这也将是我们组的大方向,主要是研究其他的蛋白质在肌肉中,以及不同的蛋白质在不同的肌肉状态下是什么样的。最终的目的是为了开发出肌肉疾病的疗法并延缓肌肉的衰老,也就是说,我们会继续研究疾病状态下的肌肉以及衰老状态下的肌肉。”他表示。


据悉,王浙鑫是山东人,其本硕均就读于帝国理工学院。后来到德国多特蒙德的马克思普朗克分子生理学研究所读博,预计 2022 年夏毕业。


对于所选择的结构生物学专业,他说结构生物学相当于一个基石,自然界中各种过程都和蛋白质相关,相关科研人员要做的第一件事就是弄清楚蛋白质的模样。如果不知道蛋白质的结构就去研究,其实会很盲目。所以,他一直都觉得解析蛋白质结构很重要。


但是,他对电子显微镜更感兴趣,可以“所见即所得”。借助显微镜能直接看到蛋白质的样子,而非通过技术手段算出来,前者能让他感受到自然的美感,通过蛋白质可以看到自然界许多年的进化演变,以及每个蛋白质在特定位置形成的特有形状。


图片

图 | 王浙鑫和女友(来源:王浙鑫)


对于后续计划,他说:“我已经定下来去剑桥分子生物学实验室做博后,用类似的方法解决不同的生物问题,因为我女朋友也在那边。她是医生,也会做一部分科研。将来我们的计划肯定是回国,但具体什么时候还是需要合适的时机。


-End-


图片


参考:

1、Wang, Z., Grange, M., Pospich, S., Wagner, T., Kho, A. L., Gautel, M., & Raunser, S. (2022). Structures from intact myofibrils reveal mechanism of thin filament regulation through nebulin.Science, 375(6582), eabn1934.

2、Wang, Z., Grange, M., Wagner, T., Kho, A. L., Gautel, M., & Raunser, S. (2021). The molecular basis for sarcomere organization in vertebrate skeletal sarcomere.Cell, 184, 2135-2150.e13.


*博客内容为网友个人发布,仅代表博主个人观点,如有侵权请联系工作人员删除。



关键词:马普所

技术专区

关闭